土地确权纠纷指向土地管理部门处理，土地确权纠纷的解决方法有双方协商解决，协商不成的由政府处理。土地不给确权的情况包括土地存在纠纷，已退耕还林的耕地。
一、
土地确权纠纷指向哪个部门处理
土地确权纠纷指向土地管理部门处理。
《土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、
土地不给确权的几种情况
土地不给确权的几种情况如下：
1.存在纠纷的土地。土地确权就在于摸清土地的权益归属问题，如果某块土地尚处于纠纷状态，一般需要在解决完纠纷问题之后才可确权。
2.私自开垦的荒地和未利用地不确权到户。每个村集体都有自己的一定的荒地和未利用土地，这些土地平常农村自己开垦一般也不会说什么，但是在此次确权中，如果农户没有与发包方签订土地的承包协议，那么就只能确权到村集体，而不能确权到户。
3.已退耕还林/退耕还草的耕地，并取得林权证和草地证。对于承包的林地和草地，如果已经取得了相应的林权证和草地证，则不纳入农村土地确权。
三、
确权后的土地能建房吗
确权后的土地能建房的，找法网提醒您，建房流程如下：
1.建房户提出申请后填写建房申请表；
2.村民委员会签署意见加盖公章，镇政府进行初审；
3.张榜公布初审意见，报县级机关联合审批；
4.县国土资源局收取建房保证费用，核发建设工程许可证；
5.镇政府现场查验，实行建设全程管理；
6.建房户申请竣工验收，核发建房竣工验收合格证。